国税調査を含め、税務調査には大きく分けて「強制調査」と「任意調査」があります。
「強制調査」とは呼んで字のごとく国税局査察部が強制的に証拠物件や書類を押収して行われる税務調査のことで、悪質脱税容疑者に対し、裁判所が捜査令状を発行し行われる調査です。この税務調査は相当多額で悪質な脱税が探知された場合に行われ、国税局査察部は「マルサ」と呼ばれています。

それに対して「任意調査」は、納税者の申告内容について確認をするために行われる税務調査のことです。この調査はあらかじめ脱税または不正の事実を把握した上で行われる調査ではありません。通常は事前に調査の予定日も連絡してきますし、一般的な税務調査はほとんどがこの任意調査です。

この税務調査の対象の選定は、税務職員が個々の判断に基づいて行います。
それ故3年に1度調査が行われる会社もあれば、中には10年以上も税務調査がないという会社もあります。この調査先の選定はコンピュータなどを使ってランダムに選ぶわけではなく、どの会社も平等に調査しているわけではありません。

税務署には個々の会社ごとに、過去の申告のデータ等を整理した「税歴表」というものがあり、調査官が自分の担当の会社の税暦表を見ながら税務調査先を選定しています。

現実的には、売上規模が大きめの黒字の会社、急激に業績が向上した会社、多額の貸倒がある会社、土地建物の取引があった会社などが税務調査対象になりやすいと言われています。